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19 Jun 2019

Secuenciación genómica ¿Mejora en control de resistencias microbianas?



Monograficos Nutrinews

Especificaciones técnicas de seguimiento armonizado de Resistencia Antimicrobiana en bacterias zoonóticas e indicadoras procedentes de animales de abasto y sus productos cárnicos derivados

Se plantean en este informe propuestas para actualizar la monitorización y notificación armonizadas de la resistencia antimicrobiana (AMR, por sus siglas en inglés) en animales de de abasto y sus productos cárnicos en la UE , desde una perspectiva de salud pública en Salmonella, Campylobacter coli, Campylobacter jejuni, Escherichia coli, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium y  Staphylococcus aureus resistente a la meticilina (MRSA); explicando las tendencias recientes en la AMR, las necesidades de recopilación de datos y los nuevos avances científicos.

Se refuerza el monitoreo fenotípico de AMR en aislamientos bacterianos, utilizando métodos de microdilución para evaluar la susceptibilidad e interpretar la resistencia usando valores de corte epidemiológicos e incluyendo una caracterización adicional de aquellos aislamientos de E. coli y Salmonella que muestran resistencia a las cefalosporinas y carbapenems de espectro extendido como el monitoreo específico de ESBL / AmpC / E. coli ,productor de carbapenemasa.

  • Las combinaciones de especies bacterianas, animales de consumo y sus derivados cárnicos, así como los paneles antimicrobianos, se han revisado y adaptado, según se ha considerado necesario.Teniendo en cuenta los diferentes tamaños de muestra, se han realizado simulaciones numéricas para evaluar la potencia estadística relacionada, disponible para evaluar la ocurrencia y las tendencias temporales de la resistencia, con una precisión predeterminada, y para respaldar la elección del tamaño de muestra armonizado.Los procedimientos de muestreo aleatorio, basados en un proceso de muestreo estratificado genérico proporcional, se han revisado y reforzado. Se presentan propuestas para mejorar la armonización del monitoreo de prevalencia, diversidad genética y AMR en MRSA.

 

  • Se sugiere complementar el monitoreo de rutina con encuestas transversales específicas sobre MRSA en cerdos y sobre la RAM en bacterias en mariscos y en medio ambiente.

 

  • Se recomienda encarecidamente la implementación de la secuenciación del genoma completo (WGS, por sus siglas en inglés) de aislamientos obtenidos de la vigilancia específica de E. coli ESBL / AmpC / carbapenemasa que se implementará, de forma voluntaria, durante el período de validez de la próxima legislación, con posible implementación obligatoria al fin del período; y se informe a EFSA de las secuencias de genes que codifican para ESBL/AmpC / carbapenemasa.

 

Se prevé que los protocolos armonizados para el análisis / interpretación de WGS y los programas externos de garantía de calidad sean proporcionados por el Laboratorio de Referencia de la UE sobre AMR..

 

Informe realizado por :

Marc Aerts, Antonio Battisti, Rene Hendriksen, Isabelle Kempf, Christopher Teale*,

Bernd-Alois Tenhagen, Kees Veldman, Dariusz Wasyl, Beatriz Guerra, Ernesto Liebana,

Daniel Thomas-Lopez y Pierre-Alexandre Beloeil



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